Părintele Arsenie a trăit ca un sfânt și a murit ca un martir, asasinat prin maltratare criminală, în 28 noiembrie 1989, de către doi ofițeri de securitate. Cu puterile lui deosebite de vizionar, el și-a văzut moartea, prin pictarea premonitivă la biserica Drăgănescu, a unui călugăr răstignit. Trecerea lui din această viață s-a produs, conform unor martori, după ce avusese o discuție cu mărimi ale vremii, cărora le-a spus greșelile ce le fac în acțiunea lor de guvernare. Discutând cu câțiva credincioși apropiați lui, aceștia și-au dat seama despre perceperea lui asupra morții ce urma să vie, afirmând că ea va fi determinată de o „femeie”, probabil Elena Ceaușescu (mărturia aparține Mariei Dumitrașcu).
Este greu să se afle cum a decurs maltratarea Părintelui, dar cert este că l-au supus la cele mai grele torturi, printre care și ale degetelor, care probabil i-au fost distruse, cu excepția arătătorului de la mâna dreaptă. Acesta a fost singurul scos la vedere din patrafir, în sicriul Părintelui, pentru a fi sărutat. În situații normale, mai ales la un duhovnic, iubit de credincioșii lui, se scoate întreaga mână.
Pe figura părintelui Arsenie, al cărui corp era așezat în sicriu, la Mânăstirea Prislop unde a fost îngropat, se vedeau pe pomeții obrazului arsuri circulare, cu mărimea diametrului de cca. 2 cm, iar pielea feței avea urmele unor traumatisme, căpătând o transparență, a cărei culoare era galben verzuie.
Moartea Părintelui a avut loc la Sinaia, unde cadavrul său a fost predat de securitate maicilor de la mânăstirea din aceeași localitate. Preotul Bunescu l-a spălat, după care l-a îmbrăcat în haine preoțești, pe care nu le mai purtase din 1959, când i se interzisese practicarea preoției, așezându-l în final în sicriu. Transportul sicriului fu făcut imediat la Mânăstirea Prislop, unde fu așezat în biserică. Înmormântarea a avut loc în 4 decembrie 1989, în mormântul ales de părintele încă din viață, unde „urma să stea până la a doua înviere din morți”.
Ceea ce este penibil, dureros și regretabil, este încercarea aproape generalizată, de disculpare a vinovaților, prin broșuri și fascicole din ziare, care demonstrează moartea „naturală” a părintelui, determinată de boală și de o suferință îndelungată” (cf. Dan Lucinescu1, Părintele Arsenie Boca, un sfânt al zilelor noastre, 2009).